水俣市には、チッソという大企業の化学工場があった。その工場廃水にふくまれる有機水銀がこの病気の原因だった。有機水銀は、プラスチックなどを作るときに出ていた物質で、人の体にたまると、脳などの神経をおかしてしまう。工場の廃水とともに出された有機水銀は、小さな魚にとりこまれ、その魚を食べる大きな魚の中にも蓄積されていく。その魚を食べ続けると、体の中に有機水銀がたまり、水俣病になる。